Simoni, favorito per la vittoria finale alla vigilia, conquistò la maglia rosa al primo arrivo in salita (terza tappa) spiazzando gli avversari, ma il suo giovane compagno di squadra Cunego, vincendo a Montevergine, balzò al comando della classifica generale. Cunego cedette momentaneamente la maglia rosa a Popovych (dopo la cronometro della tredicesima tappa), ma si riappropriò del primo posto con un bell'attacco nella tappa di Falzes. Successivamente batté Simoni a Bormio 2000 e quindi, nella penultima tappa, controllò a distanza l'attacco di Simoni e Garzelli sul Mortirolo.
Alessandro Petacchi dominò le frazioni per velocisti, ottenendo ben 9 successi di tappa.